コマンドプロンプトで、 FTP 接続もできるようです。レンタルサーバー上の 1 つのフォルダに大量のファイルを置いていたことがあって、 WebDAV 経由で削除しようとしたり、レンタルサーバーの管理画面から削除しようとしましたが、どちらも失敗したので、コマンドプロンプトで、 FTP 接続を行い、削除を試行したところファイルを削除できたことがありました。